药物化学是药学专业的重要二级学科，也是新药研发的龙头学科。作为药学专业的主干课程，“药物化学实验”课历来是与理论课二者并举的。近些年来，随着药物化学学科的快速发展，药物化学已从化学模式转变为生物学、化学、信息学等学科的综合模式。为了顺应学科发展和人才培养的需要，“药物化学实验”课教学在实验内容的选择上，力求覆盖药物化学研究的主要方面，如分子模拟计算、定量构效关系（QSAR）计算、计算机辅助药物设计、药物合成、理化性质测定、文献查阅和实验设计与实施等。

目前药物化学实验课分成三大部分：第一部分为综合训练，约占实验课时的30%。要求学生通过对具有现成工艺的某个药物生产全过程的实验室制备、药物各项性质的测定和质量检查，体会与人民健康息息相关的药品不同于一般有机化合物的特殊性，树立药品生产的经济和质量观点。第二部分为设计性实验，约占实验课时的40%。选择一些难度适宜、内容相对完整的小型课题，从文献查阅，方案设计入手，进行实验探索，最终完成合成路线，通过光谱解析确定产物结构。设计性实验训练体现了我校基于问题的实验教学的模式和实施过程，对于学生自主设计实验、实施方案、解决问题、将所学用于研究并在研究中主动学习等创新性思维和能力的培养具有重要意义。第三部分为计算机辅助药物设计，约占实验课时的30%。采取演示和学生上机操作相结合的教学方法，使学生了解当前药物设计的新方法和新思路。由于药物化学和计算机应用技术的不断发展，CADD软件在不断更新中，所以这部分内容亦将结合药化理论课的内容而不断更新。