北京大学药学实验教学中心是在1999年成立的药学基础实验教学中心和2003年成立的药学专业实验教学中心的基础上，于2006年组建的。属于校院两级管理的系级单位。药学实验教学中心先后通过教育部世界银行贷款21世纪初高等教育教学改革项目专家组验收和“北京市教委合格实验室”评估。中心于2007年被评为北京市实验教学示范中心，2010年被评为北京大学优秀实验室，2012年被评为“十二五”国家级实验教学示范中心建设单位。中心建立了网络化的实验教学、仪器和实验室管理信息平台。教学仪器先进，组合优化，配置合理，数量充足。中心按照绿色化学和生物安全的要求，实验室环境、安全、环保等均符合国家规范。教学实验室以功能分类,包括药物的化学制备、药物制剂、药物分析、分子和细胞药理、药用植物、药学计算以及综合实验室，中心各类教学资源实行集中管理和共享。

中心已形成一支由学术带头人、教授、副教授、实验主讲教师、技术员和实验助教队伍组成的教学、技术及管理队伍，承担北京大学医药各专业各层次学生的实验教学任务，开设36门实验课程，面向药学、基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、护理学等本硕博长学制、本硕长学制、本科、专科、留学生及成人继续教育和医学网络教育学院的学生，涵盖基础化学及化学生物学、药物化学、药物分析、药剂学、药理学、天然药物化学、生药学、药用植物学、现代生物技术理论与实验、计算机辅助药物设计等实验，各类实验的总项目数在300项左右，每年有4000名以上的各类学生在中心进行实验训练，每年总的人学时数达31万。

药学实验教学中心逐步推进与研究型药学人才培养相适应的实验教学模式和课程体系改革，确立了因材施教，个性化培养的教学理念和先进的教学指导思想，坚持传授知识、培养能力、提高素质、协调发展，使学生在掌握基本实验技能和操作的基础上，培养学生的创新思维和创新能力。从根本上改变实验教学依附于理论教学的传统观念，经十余年的不断探索，中心已建立起较为成熟的实验教学模式、课程体系和运行机制，在医药人才培养和服务社会等方面发挥着重要的作用。