针对六年制研究型人才的培养目标，实验课程体系贯穿长学制全过程培养，建立包括实验—科研训练—实践—论文四个环节在内的系统培养过程。   六年制学生的前期实验教学侧重基本实验技能训练，实验课程包括药学基础实验、药物化学实验、药物分析实验、药剂学实验、药理学实验、天然药物化学实验、药用植物学实验、生药学实验、现代生物技术实验、计算机辅助药物设计实验等。实验内容含基础性实验、综合性实验和设计性实验三个层次，学科带头人和学术骨干作为指导教师参与实验设计，将最新的学科进展和科研方法融入实验内容。   学院依托“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地项目”、“大学生创新性实验计划”、“北京大学开放实验室项目”等鼓励学生早期进入实验室，通过参与科研、熟悉科研，使学生在三年级具备进入后期二级学科培养所要求的基本科研能力。   在六年制学生后期培养过程中，中心开设了一系列高级药学实验课程，包括：高等天然药物化学与实验、高等有机合成实验、化学生物学高级实验课、高等药物分析及实验、药物动力学实验、物理药剂学实验、临床药学实践、临床理论与见习、药事管理学实践等。此外，增加更多的实践环节，依托“北京大学综合性创新药物研究开发技术大平台、“临床药学实践教学基地”、“药物化学实践教学基地”、“药理学实践教学基地”、“药事管理实践教学基地”和“北京大学中药标本馆”，为各学科六年制学生提供广阔的实践教学平台，培养学生科研创新能力，最终完成硕士论文工作。   近年来，以边缘学科与新兴学科为新的增长点，药学实验教学中心创建了跨学科综合性新实验，如“现代生物技术实验”、“计算机辅助药物设计实验”。新实验将现代生物技术和计算机技术应用到药物研究中，使学院的实验教学先进性走在国内各同类院校前列。