北京大学药学院以重点学科为依托，在核酸药学、多肽药学、糖药学、天然产物药学、生物无机药学等方面积累了较雄厚的基础，取得了国内领先、国际上有影响的成绩，有些学科和研究成果已达到国际领先水平。2009年由学院为牵头单位，组织申请的“北京大学综合性创新药物研究开发技术大平台”通过评审，被列入国家‘十一五’科技重大专项中“重大新药创制”计划资助项目。   目前学院承担着多项国家自然科学基金重点项目、国家“863”项目、“973”项目、国家科技攻关项目以及省部级科研项目，参与了“九五”和“十五” “211工程”项目的建设。学院近年获国家自然科学二等奖1项，省部级一等奖6项、二等奖16项、三等奖5项，其他奖10余项；近五年获得发明专利44项，发表论文1129篇（其中被SCI收录的648篇），有1个抗肿瘤一类新药被SFDA批准进入II期临床研究，1个抗肿瘤的一类新药和1个抗癫痫的一类新药被SFDA批准进行临床研究。   2011年药学学科综合实力排名高居全球前0.28%，在北京大学进入世界前1%的17个学科中位列第9。